Il grande complesso ipogeo è costituito in realtà da due chiese rupestri adiacenti, collocate nel piano interrato dell’ex ospedale Pagliari.
L’invaso attuale è dovuto alla loro fusione, tramite l’abbattimento del diaframma di roccia che le separava. Ambedue le chiese sono binavate, con le absidi orientate ad est. La più antica delle cripte, la cui escavazione potrebbe risalire al X-XI secolo, è quella posta più a sud, e presenta il bema quadrangolare rialzato con abside semi-circolare, molto probabilmente, in origine, corredato da una iconostasi in legno e che sembra riconducibile al rito greco. Il rito latino veniva officiato nell’altra chiesa, che mostra, nell’abside a fondo piatto, un altare barocco del XVIII secolo, sovrastato da un affresco di Sant’Antonio Abate, datato allo stesso periodo. Al XIV-XV secolo risalgono gli affreschi del Beato Papa Urbano V, che reca in mano una tavoletta con i volti dei santi Pietro e Paolo, l’Annunciazione, posta a sinistra dell’ingresso, un altro affresco di Sant’Antonio, e quello di San Giacomo, vestito da pellegrino. Nella cripta più antica, ai lati della porta d’ingresso, sono dipinti, a sinistra, San Nicola e, a destra, Santa Caterina (XII-XIII secolo).
Nella parete meridionale campeggia la raffigurazione di Sant’Eligio, affiancato da un dittico con Santa Elena e San Leonardo e, quindi, un grande affresco di San Nicola ed una Vergine col Bambino.
A fianco del bema si apre una grande nicchia ove è raffigurata la Crocifissione con la Trinità. Prima del bema è ancora affrescato San Giacomo apostolo, mentre nel presbiterio, da destra a sinistra, troviamo le immagini di una Annunciazione, di San Pietro Martire, del Pantocratore in déesis, di un altro dipinto di Sant’Antonio Abate e, quindi, di un San Vito, di una Crocifissione e di un Santo Stefano. Gli affreschi del bema sono stati datati al XIV-XV secolo.
