L’aula del santuario rupestre è quasi quadrata, divisa da due pilastri in due navate, che terminano in altrettante absidi. Nell’abside sinistra vi è un affresco rappresentante una Madonna con Bambino, posta al centro tra San Giovanni Evangelista e San Pietro. Nell’abside destra vi è l’affresco di una déesis, cioè del Cristo Pantocratore in trono, tra la Vergine Maria e San Giovanni Battista a Lui rivolti in preghiera. Gli affreschi sono probabilmente palinsesti, cioè ne nascondono altri sottostanti, e sono stati ricoperti, nel XIX secolo, da pannelli addossati agli altari originari. Su questi pannelli sono stati affrescati nuovi soggetti sacri, di modesta entità artistica: sulla destra, la Vergine col Bambino contornata da angeli e, sulla sinistra, San Gregorio Magno.
Nella chiesetta è affrescata anche l’immagine di Santa Venerdia o Parasceve, ascrivibile al XII secolo, ed una Crocifissione, risalente agli anni ’30 del Novecento. La volta è decorata da motivi sacri ornamentali e da finte travature. La leggenda vuole che il 14 settembre 1837, quando a Mottola infieriva il colera asiatico, la Vergine sia apparsa in sogno ad una povera donna malata, promettendole che l’epidemia sarebbe cessata e che ella sarebbe guarita, se avesse fatto scoprire una cappella a Lei dedicata, della quale l’apparizione indicò il sito. La donna, quasi morente, comunicò il tutto al suo confessore, così che la notizia si sparse e molti contadini e curiosi, armati di vanghe, si recarono sul posto indicato, riportando alla luce, in poche ore, la chiesa rupestre. I fedeli tradizionalmente mantengono ancora tutt’oggi accese perpetuamente sette lampade. La festa viene celebrata il 14 settembre.
